同源四倍体水稻突变株D4063-1 直链淀粉含量比来源二倍体明恢63 下降一半,即其直链淀粉含量为5.23%。为研究其直链淀粉含量下降的原因, 根据普通水稻Wx 基因设计引物, 扩增测序获得了D4063-1Wx 基因的全序列, 并与已报道的Wx 基因进行比对分析; 同源四倍体水稻D4063-1Wx 基因最显著变化为在外显子序列中发生碱基缺失, 导致移码突变, 在第9 外显子终止密码子提前出现。D4063-1Wx 基因碱基位点的变化还导致其序列上酶切位点的变化,对常用限制性内切酶位点分析结果表明, 同源四倍体水稻相对于籼稻和粳稻多了2 个sphⅠ酶切位点, 相对于粳稻减少了6 个AccⅠ, 增加了4 个XbaⅠ, 1 个XhoⅠ, 1 个PstⅠ和1 个SalⅠ酶切位点。聚类分析表明D4063-1Wx 基因序列与籼稻亲源关系较近, 由此推测D4063-1Wx 基因来源于籼稻的Wxa 基因型。另外, 根据D4063-1Wx 基因的碱基差异, 推测D4063-1Wx 基因外显子碱基变化导致的RNA 加工障碍是其直链淀粉降低的主要原因, 并可能与其米饭较软等品质相关。本研究还根据D4063-1 和籼稻、粳稻的序列差异及D4063-1 在该片段上的特征序列位点设计了用于识别D4063-1 的寡核苷酸片段,并作为PCR 反应的引物命名为AUT4063-1,将该引物与作者设计的扩增普通籼稻、粳稻Wx 基因的引物F5 配合使用, 建立了识别D4063-1 的显性和共显性两种检测方式的分子标记, 为快速、准确鉴别低直链淀粉含量突变体D4063-1 创造了条件。